هناك فرق بين التعامل مع الحقائق العلمية، والتعامل مع الحقائق الإيمانية يتمثل في الآتي:

 أ– الحقائق العلمية تبدأ بالشك في صحتها، أمَّا الحقائق الإيمانية فإننا نؤمن بصحتها ونقبلها.

 ب– الحقائق العلمية نُخضِعها للفحص والتمحيص حتى تثبت صحتها. أمَّا الحقائق الإيمانية فإننا نحاول تفهمها بالإيمان والثقة مع الدراسة والبحث.

 جـ– الحقائق العلمية نقبلها بعد الاقتناع بصحتها. أمَّا الحقائق الإيمانية فإننا نقبلها حتى لو كانت فوق مستوى عقولنا.

 د– الحقائق العلمية محدودة لأنها تخص البشر والكون المحدود. أمَّا الحقائق الإلهية فهيَ غير محدودة لأنها تخص الله غير المحدود.. الحقائق العلمية في متناول اليد فهيَ قابلة للبحث، أمَّا الله فهو فوق العقل.

 هـ– الحقائق الإيمانية تعتمد على إعلانات الله، فعندما اعترف بطرس بأن السيد المسيح ابن الله لم يكن هذا الاعتراف وليد عقله، إنما كان بإعلان سمائي “طُوبَى لَكَ يَا سِمْعَانُ بْنَ يُونَا إِنَّ لَحْمًا وَدَمًا لَمْ يُعْلِنْ لَكَ لَكِنَّ أَبِي الَّذِي فِي السَّمَاوَاتِ.” (مت 16: 17)، وقال “الرب يسوع“: “ولا أَحَدٌ يَعْرِفُ الآبَ إِلاَّ الاِبْنُ وَمَنْ أَرَادَ الاِبْنُ أَنْ يُعْلِنَ لَهُ “(مت 11: 27)، ويقول “معلمنا بولس الرسـول: “لَيْسَ أَحَدٌ يَقْدِرُ أَنْ يَقُولَ يَسُوعُ رَبٌّ” إِلاَّ بِالرُّوحِ الْقُدُسِ”(1 كو 12: 3).

 إذًا الشك يكون مُفيدًا في الحقائق العلمية، ولكن الشك في الحقائق الإيمانية فإنه خطير ويغلق باب القلب في وجه الإيمان، وإن كان دخول الشك للقلب سهلًا، فالتخلص منه صعبًا للغاية.